免予刑事处罚和不起诉的主要区别有：

1.性质不同：免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人；不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的人。

2.作出机关不同：免予刑事处罚由法院作出，而不起诉决定则由检察院作出。